De acordo com espírito do Dr. Leite de Vasconcelos, fundador e primeiro director do MNA, o museu deveria apresentar “a exposição permanente de objectos respectivos a todos as épocas da nossa civilização, desde as mais remotas, para o conhecimento das origens, vida e caracteres do povo português”. Assim se compreende a grande vastidão e diversidade do acervo do Museu Nacional de Arqueologia, distribuído por núcleos por vezes bem diferentes entre si: arqueologia, etnografia, numismática e medalhística, epigrafia pré-latina e latina, escultura, mosaicos, antropologia física, núcleos a que se acrescentam as notáveis “colecções comparativas”, arqueológicas e etnográficas, constituídas por materiais provenientes dos mais diversos países e continentes.
A especificidade destes diversos núcleos levou à constituição das respectivas reservas específicas, de acordo com a natureza material dos objectos e das suas necessidades de conservação e controle ambiental:

 - Reserva de Etnografia
 - Reserva de Ânforas
 - Reserva de Artefactos metálicos, constituída por ourivesaria, numismática e medalhística e outros objectos em metal
 - Reserva de Mosaicos
 - Reserva Lapidar composta por colecções de epigrafia, escultura e materiais de  construção em pedra

As vastíssimas colecções do MNA (a maior “estação arqueológica do país”) apresentam problemas específicos de inventariação e catalogação das suas espécies. Os mais antigos inventários do MNA são constituídos por três livros de entradas, respectivamente de Leite de Vasconcelos, Manuel Heleno e Manuel Viegas Guerreiro e ainda um inventário geral composto por verbetes individuais de peça em número de 75 000, onde apenas um número diminuto de objectos está contemplado. Perante esta enorme lacuna é tarefa prioritária do museu a inventariação e catalogação sistemática do seu imenso acervo. Neste sentido foi criado um inventário básico de referência centrado em torno das estações arqueológicas, e um conjunto de inventários específicos para cada uma das principais núcleos – ou catálogos de colecção.
A informatização do acervo e sua disponibilização on-line, actualmente em curso, é feita através do Programa de Informatização do Património Móvel dos Museus, ou Programa Matriz como é geralmente identificado.