Bien que les vestiges archéologiques d'époque romaine découverts au Portugal et conservés au MNA sont fort nombreux, les mosaïques romaines existantes dans le pays ne sont pas considérables. Dans ce cadre relativement maigre, surtout si on le compare à l'Espagne ou à l'Afrique du Nord, il existe les mosaïques des villae romaines de Torre de Palma ou de Santa Vitória do Ameixial, de Milreu et de Montinho das Laranjeiras. Les thèmes les plus fréquents proviennent surtout de la mythologie classique : le Périple d'Ulysse, les mythes d'Orphée ou les Travaux d'Hercule. Elles datent pratiquement toutes du IIIème siècle de notre ère et dévoilent de claires influences nord-africaines.

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La Collection d'Orfèvrerie ancienne du MNA est remarquable. Rassemblée pendant plus d'un siècle, originaire des plus divers endroits et représentative des principales époques de la Préhistoire et de l'Antiquité, elle comprend environ mille objets. Pendant plusieurs décennies, elle fut cachée au public, enfermée dans un coffre-fort uniquement accessible à certaines personnes, elle était connue comme " La Belle au bois dormant de l'Archéologie Portugaise ". Elle est actuellement présentée au public dans la Salle des Trésors de l'Archéologie Portugaise, suivant un parcours chronologico-culturel. Certains de ses chefs-d'œuvre peuvent y être admirés : les Trésors de la Herdade do Álamo et de Baião, les boucles d'oreille de Paços de Ferreira, le magnifique Torque de Vilas-Boas, véritable ex-libris de cette Collection.

L'existence de l'une des plus riches collections épigraphiques nationales dans les réserves du MNA est due au remarquable épigraphiste José Leite de Vasconcelos, fondateur et premier Directeur de ce Musée. Les inscriptions sont en grande majorité latine et le support le plus important sont les monuments funéraires, surtout sous forme d'autels. Le Musée possède également un important ensemble d'épigraphie paléochrétienne.

L'épigraphie latine d'époque impériale, qui se caractérise surtout en trois types d'inscriptions - funéraire, votive et honorifique -, obéit à plusieurs formules prédéfinies qui annoncent la typologie à laquelle l'inscription appartient. Ainsi, la formule D. M. S (consacré aux Dieux Mânes), H. S. E (ci-gît) et S. T. T. L (que la terre te soit légère), dévoilent clairement le caractère funéraire de l'inscription. Le Musée détient encore un important ensemble d'inscriptions votives consacrées à la divinité indigène Endovellicus, provenant du sanctuaire de São Miguel da Mota. Il existe également, mais en nombre inférieur, quelques inscriptions honorifiques, comme par exemple celle de la Civitas Ammaiensis à l'Empereur Claude (culte impérial).

Le rapprochement morphologique et le matériau sont les seuls éléments qui rapprochent la Collection des Monnaies et celle des Médailles. En effet, chacune de ces collections est une discipline autonome et elles ont, dans ce Musée, une importance et une représentativité fort inégales. Nous pouvons actuellement dire que la Collection des Médailles est bien moins importante que celle des Monnaies, qui comprend surtout des pièces d'époque romaine et qui est une vraie référence pour l'étude de la présence romaine sur le territoire portugais. Elle compte environ 30 000 exemplaires, dont certaines des premières monnaies frappées en Lusitanie. La plupart provient de découvertes fortuites et de trésors, dont celui d'époque républicaine de Santana da Carnota ou celui de Mértola, ceux du Bas-Empire comme le trésor de Porto Carro du IIIème s. ap. J.C., celui de Tróia, du IVème siècle. Tous les ateliers de frappe, sauf celui de SIRPENS (Serpa), qui frappèrent monnaie sur l'actuel territoire portugais, sont représentés au MNA.

La grande fragilité et la difficile préservation de certains objets faits de matériaux périssables comme le bois, le jonc ou les tissus, obligea à la création d'une réserve spéciale pour matériaux organiques où la température, l'humidité et la lumière sont contrôlées et où le matériel d'emballage et de rangement sont judicieusement sélectionnés. Dans cette salle sont conservés, par exemple, les escaliers en bois et les cordes en jonc qui proviennent des mines romaines de Vipasca (Aljustrel), ainsi que les momies, les paniers ou les cuirs de la Collection Égyptienne.

La Collection d'Antiquités Egyptiennes du Musée National d'Archéologie comprend environ 500 objets de diverses origines, dont 300 sont exposés dans la Salle des Antiquités Egyptiennes. Le premier ensemble d'objets a été acheté par José Leite de Vasconcelos en 1909, lors de son voyage en Égypte. Depuis, d'autres ensembles se sont joints, comme par exemple la collection acquise par la Reine D. Amélia ou encore la donation de la Famille Palmela. Malgré le fait qu'il s'agisse d'une collection de petites dimensions, cet ensemble est représentatif de l'Histoire de l'Égypte, de l'Époque pré-dynastique à la Période Copte.

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La Collection des Antiquités Gréco-Latines du MNA est constituée d'un ensemble diversifié d'objets provenant de la grande étendue géographique et culturelle que réunit la Méditerranée et datant du Monde Pré-classique et Classique. Dans cette Collection sont réunis, entre autres, les objets acquis par José Leite de Vasconcelos en Grèce, les objets offerts ou acquis aux enchères, comme ce fut le cas, récemment, pour l'acquisition d'une amphore grecque panathénaïque provenant de Pompéi ou Herculanum.

Le Musée National d'Archéologie compta, au long de son histoire, avec d'importants legs et donations qui se traduisirent par un grand enrichissement de ses Archives, de sa représentativité et de son approfondissement. Quelques donations sont particulièrement intéressantes, comme par exemple celles de António Bustorff Silva, de D. Luís Bramão et, plus récemment, de la Famille Sam Levy. La reconnaissance publique de ces initiatives a abouti en une exposition temporaire et en un catalogue de même titre "Doações - Um Gosto Privado, Um Olhar Público" (Donations - Un Goût Privé, Un regard Public), disponible pour consultation et en vente au public.